항생물질을 장기복용하면 과민반응, 장기장해 등, 항생물질이 생체에 직접 작용하여 생기는 부작용과 내성균출현, 균교대증 등, 항생물질이 균에 작용한 결과 출현하는 것들이 있다. 

1. 부작용

테트라사이클린계:

간/신장장해, 빈혈/과립구 감소, 혈소판 감소, 악심, 구토, 설사, 식도 장해(약제가 식도에 쌓여 붕괴하는 경우 생기는데 복용시 물을 많이 마시도록 함), 두개내압 상승(유아/비만한 사춘기 여자에게 많음), 뼈/치아의 발육장해(약제 가 뼈/치아의 칼슘과 킬레트결합하기 때문에 생기며 임신후기의 임산부, 8세이하의 소아에게는 사용하지 않는 것이 바람직함), 쇼크, 약진(표) 등이다. 미노마이신으로는 간질성 폐염, 현기증이 생길 가능성이 있다. 

메크로라이드계:

간/신장장해, 혈소판 감소, 악심, 구토, 설사, 위막성대장염, 출혈성대장 염, 쇼크, 약진, 간질성폐염 등이다. 텔페나진/아스테미졸/시나플드와 병용한 경우 QT연장/심실성 부정맥이다. 테오필린/톨리아졸름/시클로스폴린 등과 병용한 경우 이들의 혈중농도가 상승할 가능성이 있다. 여드름에는 테트라사이클린/메크로라이드계 항생물질을 비교적 장기간 사용하는 일이 있으므로 부작용에 주의할 필요가 있다. 

페니실린계/세펨계:

간/신장장해, 빈혈/과립구감소/혈소판감소, 악심, 구토, 설사, 위막성 대장염, 경련, 쇼크, 약진(표) 등이다. 

뉴키노론계:

간/신장장해, 과립구감소, 위막성대장염, 두통, 현기증, 경련(비 스테로이드계 항염증약의 병용으로 유발됨) 등 중구신경계 병상, 관절연골의 이상(유소아에 나타 나기 때문에 16세이상 환자에게 사용할 것), 간질성 폐염, 저혈당, 횡문근융해증, 아킬레스건 장해, 쇼크, 약진(표) 등이다.  (자료: http://www.medcity.com )

아키노글리커시드계:

간/신장장해, 빈혈/과립구감소/혈소판감소, 제8신경 장해, 간질성 폐염, 경련, 쇼크, 약진, 신경근 차단작용 등이다. 

2. 균 교대/균 교대증/내성균화 

균 교대라는 것은 항생물질 치료후에 기염균은 없어져도 새롭게 세균이 출현하는 것을 말하는데 감염되지는 않는다. 최초로 기염균이 항생물질요법에 의해 내성화되는 것은 내성균화라 하여 균 교대와는 구별한다. 균 교대증이란 항생물질요법후에 새롭게 출현한 세균이 감염증을 유발한 경우를 말한다.

항생물질 치료전후에 세균배양, 최소발육 저해도(MIC)를 측정하여 균 교대증이 내성균화에 의한 감염증인지 여부를 결정하는 것이 중요하다. 통상의 감염방어능력을 전신적으로도 국소적으로도 가지고 있는 병례에 있어서 감염증은 적절한 항생물질 요법후에 균 교대는 생기지 않는다.

균 교대는 환자의 환경에도 강한 영향을 받아 통원치료보다는 입원하는 예를 많이 볼 수 있다. 여드름에서 항생물질요법을 장기간 사용할 때는 감염방어능력이 정상적인 예에서도 균 교대에 주의할 필요가 있다. 균 교대는 일반적으로 항생물질을 중지하면 자연히 소실되는 경우가 많다. 한편 균 교대증에서는 적절한 항균약요법을 할 필요가 있다. (표) 항군약에 의한 약진